まず
結論から述べると
地方消費税の計算をする際は
消費税額を課税標準額とする。
消費税額は100円未満切捨てなので
地方消費税の課税標準額も100円未満切捨てとなる。
ここで
課税標準額といえば
1,000円未満切捨てが基本なはずだ（通則法108条１項）。
そこで通則法108条１項をみると
「国税」の課税標準は1,000円未満切捨てとある。
地方消費税は
「地方税」なのでこれは適用されないということか。
（国税の課税標準の端数計算等）
第百十八条 国税（印紙税及び附帯税を除く。以下この条において同じ。）の課税標準（その税率の適用上課税標準から控除する金額があるときは、これを控除した金額。以下この条において同じ。）を計算する場合において、その額に千円未満の端数があるとき、又はその全額が千円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
２ 政令で定める国税の課税標準については、前項の規定にかかわらず、その課税標準に一円未満の端数があるとき、又はその全額が一円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
３ 附帯税の額を計算する場合において、その計算の基礎となる税額に一万円未満の端数があるとき、又はその税額の全額が一万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
注）太字引用者
原則としては
地方税も課税標準は1,000円未満切捨てらしいが（地方税法20条の４の２第1項）
地方消費税はその例外として100円未満切捨てになっているらしい（地方税法72条の82第1項）。
（課税標準額、税額等の端数計算）
第二十条の四の二 地方税の課税標準額を計算する場合において、その額に千円未満の端数があるとき、又はその全額が千円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。ただし、政令で定める地方税については、この限りでない。
注）太字引用者
（地方消費税の課税標準額の端数計算の特例）
第七十二条の八十二 地方消費税については、第二十条の四の二第一項の規定にかかわらず、消費税額を課税標準額とする。
注）太字引用者
